Η παρακολούθηση της αποτελεσματικότητας και της ποιότητας υλοποίησης των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων γίνεται, σύμφωνα με το άρθρο 12 του ν. 3614/2007, από την Επιτροπή Παρακολούθησης που συστήνεται για το σκοπό αυτό σε κάθε πρόγραμμα.
Στο πλαίσιο αυτό, συγκροτήθηκε με την υπ.αριθμ. 5259/ΕΥΣ 602/05.02.2008 υπουργική απόφαση η Επιτροπή Παρακολούθησης του ΠΕΠ Κρήτης και Νήσων Αιγαίου στην οποία εκ περιτροπής προεδρεύουν επί ένα ημερολογιακό έτος, οι Γενικοί Γραμματείς Βορείου Αιγαίου, Νοτίου Αιγαίου και Κρήτης.
Η Επιτροπή Παρακολούθησης αποτελείται από εκπροσώπους:
- της εθνικής αρχής συντονισμού και της διαχειριστικής αρχής των ΠΕΠ,
- των διαχειριστικών αρχών των τομεακών προγραμμάτων,
- των τριών ενδιάμεσων διαχειριστικών αρχών του ΠΕΠ Κρήτης και Νήσων Αιγαίου,
- των ενδιάμεσων φορέων που διαχειρίζονται τμήματα του Προγράμματος,
- δημόσιων, κεντρικών και περιφερειακών αρχών,
- φορέων της νομαρχιακής και τοπικής αυτοδιοίκησης από τους εννιά νομούς των τριών περιφερειών,
- εκπροσώπους των κοινωνικών και οικονομικών εταίρων και
- εκπροσώπους αντιπροσωπευτικών μη κυβερνητικών οργανώσεων.
Επίσης συμμετέχουν χωρίς δικαίωμα ψήφου και εκπρόσωποι της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, της Αρχής Ελέγχου και της Ευρωπαϊκής Τράπεζας Επενδύσεων.