Στη παρούσα ενότητα παρατίθενται επιγραμματικά οι άξονες προτεραιότητας του Περιφερειακού Επιχειρησιακού Προγράμματος Κρήτης και Νήσων Αιγαίου 2007- 2013, οι οποίοι είναι οι εξής:

1. Υποδομές και Υπηρεσίες Προσπελασιμότητας Περιφέρειας Κρήτης
2. Υποδομές και Υπηρεσίες Προσπελασιμότητας Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου
3. Υποδομές και Υπηρεσίες Προσπελασιμότητας Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου
4. Ψηφιακή Σύγκλιση και Επιχειρηματικότητα Περιφέρειας Κρήτης
5. Ψηφιακή Σύγκλιση και Επιχειρηματικότητα Περιφέρειας Βορείου Αιγαίου
6. Ψηφιακή Σύγκλιση και Επιχειρηματικότητα Περιφέρειας Νοτίου Αιγαίου
7. Αειφόρος Ανάπτυξη και Ποιότητα Ζωής στην Περιφέρεια Κρήτης
8. Αειφόρος Ανάπτυξη και Ποιότητα Ζωής στην Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου
9. Αειφόρος Ανάπτυξη και Ποιότητα Ζωής στην Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου
10. Χωρική Συνοχή και Συνεργασία στην Περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου
11. Τεχνική Υποστήριξη Εφαρμογής «Αμιγούς Στόχου Σύγκλισης» (Κρήτη – Βόρειο Αιγαίο)
12. Τεχνική Υποστήριξη Εφαρμογής «Στόχου Σταδιακής Εισόδου» (Νότιο Αιγαίο)