Η Συνολική Δημόσια Δαπάνη του Προγράμματος ανέρχεται σε 1,325 δισ. € και κατανέμεται ανά διοικητική Περιφέρεια ως εξής:

• Κρήτη: 564.000.000 € ή το 42,5% του συνόλου
• Βόρειο Αιγαίο: 411.000.000 € ή το 31,1% του συνόλου
• Νότιο Αιγαίο: 350.000.178 € ή το 26,4% του συνόλου

Από την ανωτέρω Συνολική Δημόσια Δαπάνη τα 871,3 εκ. € αποτελούν Κοινοτική Χρηματοδότηση.